Οδηγίες σχετικά με τη λειτουργία και τη διαδικασία υποβολής θεμάτων στα Συμβούλια Πολεοδομικών Θεμάτων και Αμφισβητήσεων παρέχει η Αποκεντρωμένη Διοίκηση. Σε σχετικό έγγραφο αναφέρεται μεταξύ άλλων πως «οι προσφυγές θα κατατίθενται στις ΥΔΟΜ (σ.σ. Υπηρεσίες Δόμησης, έως πρότινος γνωστές ως Πολεοδομία) σύμφωνα με το άρθρο 34 του Ν. 4030/2011 και θα πρέπει υποχρεωτικά να συνοδεύονται από το προβλεπόμενο παράβολο των 50 ευρώ». Θα πρέπει, δε, να είναι πλήρεις οι σχετικοί φάκελοι και «δεν θα γίνεται δεκτή η εκ των υστέρων και μετά την υποβολή της ένστασης – προσφυγής προσκόμιση του παραβόλου στο ΣΥΠΟΘΑ».